Información de la convocatoria
MODALIDAD
Online
OBJETIVOS
- Introducir los fundamentos de la bioinformática aplicada a la microbiología, con énfasis en el análisis genómico y metagenómico.
- Distinguir entre las principales tecnologías de secuenciación de alto rendimiento, especialmente Illumina y Oxford Nanopore (MinION), reconociendo sus ventajas, limitaciones y aplicaciones en microbiología.
- Capacitar al alumnado en el uso de entornos Linux (WSL) y herramientas bioinformáticas estándar.
- Utilizar la inteligencia artificial (IA), para apoyar procesos analíticos: redacción de scripts, depuración de errores, interpretación de resultados y automatización de tareas.
- Aplicar herramientas de anotación funcional, como InterProScan, para caracterizar proteínas codificadas por genomas virales o bacterianos.
- Aplicar metodologías de ensamblaje de genomas o metagenomas, así como procesos de filtrado de secuencias.
- Utilizar herramientas bioinformáticas para la identificación taxonómica de genomas bacterianos o virales.
- Identificar genes de resistencia antimicrobiana, factores de virulencia y elementos móviles como plásmidos mediante herramientas especializadas.
PROGRAMA
Semana 1: Genómica bacteriana aplicada
- Módulo 1 – Fundamentos y preparación del entorno:
- Introducción a la bioinformática y su aplicación en microbiología.
- Comparación de tecnologías de secuenciación: Illumina vs. Nanopore.
- Instalación del entorno Linux usando WSL (con video explicativo).
- Configuración del entorno de trabajo (VSCode, carpetas, línea de comandos).
- Introducción a los comandos básicos de Linux.
- Recurso: Video + PDF con pasos detallados para la instalación.
- Módulo 2 – Descarga y procesamiento de genomas:
- Uso del NCBI y herramientas para descargar datos genómicos reales.
- Asignación individual de genomas bacterianos para análisis.
- Conversión de archivos .sra a .fastq.
- Recurso: Tutorial PDF con comandos y ejemplo de dataset.
- Módulo 3 – Ensamblado y anotación de genomas:
- Ensamblado de genomas con SPAdes.
- Evaluación de calidad con QUAST.
- Anotación funcional con Prokka.
- Identificación de genes de resistencia, virulencia y plásmidos con Abricate (bases: CARD, ResFinder, VFDB).
- Módulo 4 – Clasificación taxonómica y entrega de resultados:
- Clasificación taxonómica con BLASTn o Kraken2.
- Generación de informe con los pasos aplicados y hallazgos.
- Envío de la actividad final de la semana 1:
- Informe en PDF con el pipeline aplicado, resultados clave y análisis funcional.
- Soporte disponible por correo electrónico para resolver dudas.
Semana 2: Metagenómica aplicada
- Módulo 5 – Introducción y preparación de datos metagenómicos.
- Fundamentos de metagenómica: ¿qué es y para qué sirve?
- Descarga de datasets ambientales reales para análisis metagenómico.
- Control de calidad con FastQC.
- Filtrado y limpieza de reads con Trimmomatic.
- Recurso: Video guía para análisis de calidad.
- Módulo 6 – Ensamblado, anotación y clasificación
- Ensamblado de datos metagenómicos con MEGAHIT o SPAdes.
- Anotación funcional básica (Prokka o InterProScan, según el caso).
- Identificación taxonómica con Kraken2 o Centrifuge.
- Detección de virus con VIBRANT.
- Detección de plásmidos y elementos móviles con PlasmidFinder / MobileElementFinder.
- Módulo 7 – Automatización con inteligencia artificial
- Uso de herramientas como ChatGPT o Copilot para:
- Generar scripts personalizados.
- Interpretar resultados de herramientas bioinformáticas.
- Automatizar partes del flujo de trabajo.
- Módulo 8 – Entrega de proyecto metagenómico
- Elaboración del informe final con:
- Descripción del pipeline aplicado.
- Resultados taxonómicos y funcionales.
- Reflexión sobre los hallazgos.
- Envío de la actividad final de la semana 2.
- Canal de soporte activo para dudas técnicas o científicas.
- Recursos del curso:
- Videos explicativos para cada módulo.
- PDFs paso a paso con instrucciones.
- Acceso remoto a un servidor preconfigurado.
- Comunicación por correo electrónico para resolución de dudas.
SISTEMAS Y PROCEDIMIENTO DE EVALUACIÓN
La evaluación será continua, práctica y orientada a la aplicación real de los contenidos.
Durante el curso, cada participante desarrollará de forma individual dos actividades principales (una por semana), que consistirán en la elaboración de informes detallados en formato PDF. En dichos informes se deberá evidenciar: La correcta ejecución de los análisis bioinformáticos enseñados (genómicos o metagenómicos).
La comprensión del flujo de trabajo y la capacidad de interpretar los resultados obtenidos.
El uso autónomo de herramientas bioinformáticas básicas y complementarias, incluyendo inteligencia artificial como apoyo cuando sea pertinente.
La claridad en la presentación del proceso seguido, con justificación de los pasos y organización del contenido.
Cada entrega semanal será revisada con base en los siguientes criterios:
Corrección técnica en la ejecución del pipeline propuesto.
Coherencia y claridad en la interpretación de los resultados.
Grado de autonomía demostrado en el uso de software y recursos.
Capacidad de reflexión sobre el análisis y sus posibles aplicaciones.
El soporte docente estará disponible vía correo electrónico para resolver dudas técnicas o científicas durante el desarrollo de las tareas. La participación activa en el curso, aunque asincrónica, también será valorada mediante la calidad y puntualidad de las entregas.
BREVE EXPLICACIÓN
Este curso intensivo está dirigido a personas interesadas en iniciarse en el uso práctico de la bioinformática en contextos microbiológicos, sin necesidad de experiencia previa en programación, Linux o análisis de datos. A lo largo del curso, los participantes aprenderán desde cero a utilizar herramientas ampliamente empleadas en estudios genómicos y metagenómicos, como SPAdes, Prokka, Abricate, Kraken y VIBRANT, entre otras. El contenido se presentará de forma accesible, combinando teoría y práctica con ejercicios guiados paso a paso. No se requiere un ordenador potente: basta con un portátil con aproximadamente 10 GB de espacio libre. Las actividades se realizarán en un servidor remoto ya configurado, eliminando la necesidad de instalar programas localmente.
LUGAR
Plataforma UBUVirtual de la Universidad de Burgos
PROFESORADO
Director y ponente: Rafael Cadamuro Dorighello (UBU)
E-mail:
CALENDARIO
Del 7 de octubre al 18 de octubre de 2025
HORARIO
Los cursos online no tienen horario establecido, se realizan a través de la plataforma Ubuvirtual de la Universidad de Burgos en horario libre, se puede conectar siempre que se quiera dentro de las fechas de realización del curso, únicamente hay que seguir el calendario de tareas que establezca el profesor.
DURACIÓN
30 horas.
PRECIO
- Matrícula ordinaria: 75 €. Personas interesadas.
- Matrícula reducida: 60 €. Miembros de la comunidad universitaria de la UBU.
CRÉDITOS
Solicitados créditos para Grados.
