Los principales Órganos de Gobierno de la Universidad de Burgos lo conforman:
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El Equipo de Gobierno, formado por el Rector, Vicerrectores, Secretario General y Gerente.
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El Consejo de Gobierno, que representa el órgano de gobierno de la Universidad. Está formado por los miembros del Equipo de Gobierno, miembros elegidos por el Claustro Universitario, representantes de Directores de Escuela, Decanos de Facultad, Directores de Departamento, Estudiantes, Personal de Administración y Servicios, etc.
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El Claustro Universitario, que constituye el máximo órgano de representación de la comunidad universitaria. Está presidido por el Rector y formado 100 claustrales electos, elegidos entre profesores, estudiantes y personal de administración y servicios, según la proporción que determinan los Estatutos.
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El Consejo Social, que es el máximo órgano de participación de la sociedad en la Universidad. Promueve la colaboración entre la sociedad y la universidad, además de supervisar el rendimiento de los servicios universitarios.
